Analisi di reti di interazione genica per l’identificazione di geni implicati nelle sindromi di Noonan e di LEOPARD
- 3 Anni 2009/2012
 - 254.600€ Totale Fondi
 
La syndrome di Noonan è una malattia genetica relativamente comune che interessa approssimativamente un bambino ogni cento nati in tutto il mondo. Le caratteristiche cliniche più comuni comprendono malformazioni congenite del cuore, bassa statura e problemi di apprendimento. Il difetto genetico principale che è stato dimostrato essere responsabile per più del 50% dei casi è stato identificato nel gene PTPN11 che codifica per una proteina (SHP2) la cui funzione è quella di rimuovere gruppi fosfati dale proteine. Perché un tale difetto causi problemi di sviluppo così severi non è ancora chiarito perché non conosciamo i dettagli dei processi molecolari che amplificano questo difetto. Nel nostro progetto proponiamo di usare una strategia che prevede l'integrazione dei dati sperimentali con un'analisi bioinformatica al fine di produrre una lista di geni la cui funzione possa influenzare l'espressione di PTPN11, il gene malattia. Il successo della nostra strategia potrebbe aprire nuove strade terapeutiche offrendo ai farmacologi nuovi bersagli la cui inibizione o stimolazione potrebbe controllare la malattia.
Pubblicazioni Scientifiche
- 2011-10-03 BMC BIOINFORMATICS 
Benchmarking of the 2010 BioCreative Challenge III text-mining competition by the BioGRID and MINT interaction databases
 - 2011-10-03 BMC BIOINFORMATICS 
The Protein-Protein Interaction tasks of BioCreative III: classification/ranking of articles and linking bio-ontology concepts to full text
 - 2013-01-01 FEBS JOURNAL 
HuPho: the human phosphatase portal
 - 2012-08-14 FEBS LETTERS 
The human phosphatase interactome: An intricate family portrait
 - 2014-05-07 FRONTIERS IN GENETICS 
Combining affinity proteomics and network context to identify new phosphatase substrates and adapters in growth pathways
 - 2010-07-01 IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS 
An Overview of BioCreative II.5
 - 2015-02-01 JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 
The adapter protein CD2AP binds to p53 protein in the cytoplasm and can discriminate its polymorphic variants P72R
 - 2011-02-01 JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 
Identification of New Substrates of the Protein-tyrosine Phosphatase PTP1B by Bayesian Integration of Proteome Evidence
 - 2012-08-03 JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 
Counteracting Effects Operating on Src Homology 2 Domain-containing Protein-tyrosine Phosphatase 2 (SHP2) Function Drive Selection of the Recurrent Y62D and Y63C Substitutions in Noonan Syndrome
 - 2017-03-24 JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 
Both Intrinsic Substrate Preference and Network Context Contribute to Substrate Selection of Classical Tyrosine Phosphatases
 - 2012-05-01 MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY 
Reactive Oxygen Species and Epidermal Growth Factor Are Antagonistic Cues Controlling SHP-2 Dimerization
 - 2010-09-01 NATURE BIOTECHNOLOGY 
The FEBS Letters/BioCreative II.5 experiment: making biological information accessible
 - 2013-08-01 NATURE METHODS 
mentha: a resource for browsing integrated protein-interaction networks
 - 2012-01-01 NUCLEIC ACIDS RESEARCH 
MINT, the molecular interaction database: 2012 update
 - 2014-01-01 NUCLEIC ACIDS RESEARCH 
The MIntAct project-IntAct as a common curation platform for 11 molecular interaction databases
 - 2013-01-01 TRENDS IN BIOCHEMICAL SCIENCES 
Exploring the diversity of SPRY/B30.2-mediated interactions